Muqaddimah
Sebelum alih Fungsi menjadi SMP Muhammadiyah Al Manar Pengasih, Sekolah ini, merupakan sekolah dengan model Pendidikan non Formal, yaitu Pendidikan Kesetaraan Salafiyah Wustha (PKPPS) yang telah terakreditasi A oleh BAN PDM. PKPPS Wustha Al Manar Muhammadiyah Pengasih merupakan Program Pendidikan Kesetaraan Non Formal Jenjang Menengah Paket B setingkat SMP pada Pondok Pesantren Al Manar Muhammadiyah Pengasih.
Pada Mulanya Pondok Pesantren Al Manar Muhammadiyah Pengasih yang berdiri sejak tahun 2002 diatas tanah wakaf seluas 1.505 M² dengan Nadhir PCM (Pimpinan Cabang Muhammadiyah) Pengasih sifatnya masih Pelajaran diniyah dengan model Pembelajaran murid non Mukim. Kemudian, Pada tahun 2012 Pondok Pesantren Al Manar Muhammadiyah Pengasih Bersama PCM menyelenggarakan pendidikan Non Formal, yang didaftarkan pada Kementerian Agama dengan jenjang Paket B (Setara SMP) dengan nama Program Pendidikan Salafiyah Wustha Pondok Pesantren Al Manar Muhammadiyah Pengasih.
Pondok Pesantren Al Manar mengajukan ijin operasional pada awal tahun 2012 yang pada akhirnya Kementerian Agama Kabupaten Kulon Progo memberikan Piagam Ijin Operasional Pondok Pesantren Penyelenggara Salafiyah Wustha atau Kesetaraan paket B setingkat SMP dengan Nomor SK. Kementerian Agama Nomor: Kd.12.05/3/PP.00.7/8419/2014.
Sejak berdiri hingga tahun 2019, murid SMP Muhammadiyah Al Manar Pengasih membuka rombel khusus murid Putra. Seiring permintaan dari Masyarakat, pada tahun 2019 memulai membuka kelas untuk murid Putri hingga sekarang. Saat ini pembelajaran terdapat pada dua lokasi, yaitu kampus I untuk murid putra dan Kampus II untuk murid Putri yang letaknya di Kompleks Panti As Syams, Ngramang, Pengasih Kulon Progo (Utara SPBU Ngramang).
Pada tahun 2024, PKPPS Wustha Al Manar Muhammadiyah, telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Dasar dan Menengah, dengan predikat “A”. Namun, seiring perkembangan dan Dinamika Pendidikan, bersamaan tuntutan dari Orang tua murid agar sekolah ini menjadi Pendidikan formal, maka berdasarkan hasil Musyawarah para pemangku kepentingan, diharapkan tahun Pelajaran 2026/2027 PKPPS Wustha Al Manar Muhammadiyah Pengasih beralih fungsi menjadi Lembaga Pendidikan Formal SMP Muhammadiyah Al Manar Pengasih dengan model Boarding School.